1965 durch Ausgliederung aus dem SC Empor Rostock entstanden, gilt Hansa Rostock heute als bedeutendster Fußballverein in Deutschlands Nordosten.
Als größte Erfolge konnte der FC Hansa Rostock in der Saison 1990/91 den Gewinn der letzten DDR-/NOFV-Meisterschaft sowie des Pokalfinales für sich verbuchen. Mit zwölf Spielzeiten in der höchsten bundesdeutschen Spielklasse wurde Hansa Rostock nach der Wiedervereinigung zum erfolgreichsten Team der fünf ostdeutschen Länder.
In der Saison 2010/2011 rutsche Hansa Rostock erstmals in die dritte Liga ab, schaffte den sofortigen Wiederaufstieg in die 2. Bundesliga und rutschte 2012 erneut in die dritte Liga ab.
Trainiert wird der FC Hansa Rostock derzeit von Andreas Bergmann, Spielstätte ist die DKB-Arena (ehemals Ostseestadion) mit rund 29.000 Plätzen.